不動産STの流通税はどこで払われているのか——信託の登記・登録免許税・不動産取得税を、条文と届出書14件の「不動産管理処分信託設定年月日」で読む

まず前提——「流通税」「信託の登記」「信託目録」という言葉

不動産の取引に伴ってかかる税のうち、持っている間に毎年かかる固定資産税などと区別して、取得や移転の場面で一度かかる税を実務では「流通税」と呼ぶ。法令用語ではなく、本稿で扱うのは主に3つである。登記を受けるときに国に納める登録免許税（登録免許税法）、不動産を取得したことに対して都道府県が課す不動産取得税（地方税法第73条の2第1項「不動産取得税は、不動産の取得に対し、当該不動産所在の道府県において、当該不動産の取得者に課する」）、そして契約書に貼る印紙税（印紙税法）である。

次に、不動産STの土台にある「信託の登記」。不動産を信託に入れると、登記簿上の所有者は受託者（信託銀行など）になる。そのうえで、その不動産が受託者の固有の財産ではなく信託財産であることを示す登記が別に入る。これが信託の登記で、不動産登記法は「信託の登記の申請は、当該信託に係る権利の保存、設定、移転又は変更の登記の申請と同時にしなければならない」と定め（第98条第1項）、受託者が単独で申請できるとしている（同条第2項）。

信託の登記で記録される事項は、不動産登記法第97条第1項が列挙している——委託者・受託者・受益者の氏名又は名称及び住所、信託の目的、信託財産の管理方法、信託の終了の事由など。登記官はこれらを明らかにするために「信託目録」を作成することができる（同条第3項）。そして記録された事項に変更があったときは、受託者が「遅滞なく、信託の変更の登記を申請しなければならない」（第103条第1項）。受益者が入れ替わったときに動くのは、この信託目録のほうである。

届出書でこの話が一行だけ顔を出すのは、法制度の説明の箇所である。本稿が読んだ受益証券発行信託型13件はすべて、受託者が倒産した場合に信託財産であることを第三者に対抗するには「当該投資対象不動産に信託設定登記を備えておく必要があります」とほぼ同文で書き、GK-TK型の横浜伊勢佐木町ホテルは「発行者は信託の登記がなされていることを確認した上で、本信託受益権を取得する予定です」と書く。倒産隔離の文脈で語られる登記が、税の文脈でも出発点になる。

条文で見る3つの場面——現物の売買・信託の設定・受益権の売買

同じ1棟のビルでも、どういう形で手に入れるかによって流通税の条文がまったく違う。場面を3つに分けて並べる。

第一は、不動産そのものを売買で買う場面である。所有権の移転の登記の税率は、登録免許税法別表第一第1号（二）ハ「その他の原因による移転の登記」で不動産の価額の千分の二十。土地については租税特別措置法第72条第1項第1号が「売買による所有権の移転の登記」を千分の十五に軽減しており、その期限は「平成二十五年四月一日から令和十一年三月三十一日までの間」である（e-Gov法令検索・2026年8月12日施行版で確認）。不動産取得税は標準税率が百分の四（地方税法第73条の15）で、住宅又は土地の取得は令和9年3月31日までの間は百分の三（同法附則第11条の2第1項）、宅地評価土地は同じ期限まで課税標準が価格の2分の1（同法附則第11条の5第1項）となる。

第二は、自分が持っている不動産を信託に入れる場面である。ここで条文は2つの非課税を用意している。登録免許税法第7条第1項第1号は「委託者から受託者に信託のために財産を移す場合における財産権の移転の登記」に登録免許税を課さないとし、地方税法第73条の7第3号は「委託者から受託者に信託財産を移す場合における不動産の取得」に不動産取得税を課することができないとする。ただし信託の登記そのものは非課税ではない。登録免許税法別表第一第1号（十）イ「所有権の信託の登記」が不動産の価額の千分の四で、土地については租税特別措置法第72条第1項第2号が千分の三に軽減している（期限は同じく令和11年3月31日まで）。

地方税法第73条の7第3号にはかっこ書きがある——「当該信託財産の移転が第七十三条の二第二項本文の規定に該当する場合における不動産の取得を除く」。第73条の2第2項本文は、家屋が新築された場合に「最初の使用又は譲渡」が行われた日に家屋の取得があったとみなす規定である。新築後まだ使われていない建物を信託に入れる場合は、この非課税から外れうる、ということになる。

第三は、すでに信託に入っている不動産の受益権を買う場面である。登記簿上の所有者は受託者のまま変わらないので、所有権の移転の登記は起きない。動くのは信託目録に記録された受益者で、その変更は不動産登記法第103条の信託の変更の登記になり、登録免許税法別表第一第1号（十四）「登記事項の更正若しくは変更の登記」として「不動産の個数一個につき千円」である。不動産取得税の節（地方税法第73条から第73条の33まで）の本則で「信託」または「受益権」の語が出てくるのは第73条の7だけで、受益権の取得を不動産の取得とみなす規定は置かれていない（当サイトがe-Gov法令検索の本文を機械検索・2026年9月15日）。

課税標準にも注意がいる。登録免許税の課税標準は登記の時の不動産の価額（登録免許税法第10条第1項）だが、当分の間は固定資産課税台帳に登録された価格を基礎として政令で定める価額によることができ（同法附則第7条）、国税庁も「固定資産課税台帳に登録された価格がある場合は、原則その価格」と説明している。不動産取得税も、固定資産課税台帳に価格が登録されている不動産はその価格で課税標準を決める（地方税法第73条の21第1項）。どちらも取引価格や鑑定評価額ではない。

桁の違いを仮設例で置く——6,000万円・500万円・2,000円

条文の差がどれくらいの金額差になるのかを、仮の数字で置いてみる。以下は当サイトの仮設例であり、実在の物件・案件の数値ではない。土地は宅地評価土地1筆で固定資産課税台帳の価格10億円、建物は事務所1棟で同じく5億円とする。

現物を売買で買うと、登録免許税は土地10億円×千分の十五＝1,500万円と建物5億円×千分の二十＝1,000万円、不動産取得税は土地10億円×2分の1×百分の三＝1,500万円と建物5億円×百分の四＝2,000万円で、合計6,000万円になる。

同じ物件を所有者が自ら信託に入れると、所有権の移転の登記と不動産取得税は非課税で、残るのは信託の登記の登録免許税だけ——土地10億円×千分の三＝300万円と建物5億円×千分の四＝200万円の合計500万円である（建物が新築後未使用ではない前提）。

すでに信託に入っている受益権を買うと、所有権は受託者から動かず、受益者の変更の登記が土地1個・建物1個で1,000円×2＝2,000円である。3つを並べると、6,000万円・500万円・2,000円と、ほぼ4桁ずつ違う。

ここから言えるのは、流通税の重さは「買う物の中身」ではなく「どの形で・どの時点で権利を動かすか」で決まる、ということである。一方で、この仮設例は誰がどの費用を負担するかまでは語らない。売主が自分で信託を設定してから受益権を売るなら、信託の登記の登録免許税を払うのは売主側で、買主が払うのは変更の登記だけになる。その負担を代金にどう織り込むかは売買契約の問題であり、本稿が読んだ届出書には書かれていない。

届出書14件の「不動産管理処分信託設定年月日」——10件は、STの組成より前から信託に入っていた

では、実際の不動産STはどの場面を通っているのか。手がかりは、届出書・有価証券報告書の物件の概要表にある「不動産管理処分信託設定年月日」（案件によっては「不動産管理処分信託契約の概要」の中の「信託設定日」）である。これは物件そのものを信託に入れた日で、STの信託（受益証券発行信託）を設定した日とは別の日付である。

本稿はEDINETに提出された14件——受益証券発行信託型13件（有価証券届出書10件・有価証券報告書3件）とGK-TK型1件——について、この日付をSTの信託設定日（GK-TK型は取得予定年月日）と並べた。結果は2つにきれいに分かれる。

同じ日に不動産管理処分信託が設定されているのは4件だけである。いちご・レジデンス・トークンの3案件（芝公園ほか6物件は2023年12月22日、西麻布ほか7物件は2024年5月23日、市谷仲之町ほか7物件は2024年10月24日で、いずれもSTの信託設定日と同日）と、三井物産グループの東横INN（2026年3月30日・予定）である。これらは、物件が信託に入った日とSTが立ち上がった日が一致しているので、信託の登記はこの組成の日程の中で行われたことになる。

残る10件は、物件がSTより前から信託に入っていた。間隔が短いのはトーセイ・プロパティ・ファンド（シリーズ3）市ヶ谷の85日（2024年2月29日→2024年5月24日）とKDX名古屋栄ビルの138日（2023年11月1日→2024年3月18日）で、組成に向けて直前に信託化したと読める距離である。長いほうは、品川シーサイドイーストタワーが2004年8月31日に信託設定——建築時期は2004年8月——でSTの信託設定日は2026年8月31日、ちょうど22年（8,035日）。イオンタウン鈴鹿は2008年9月19日設定で約16.2年、横浜伊勢佐木町ホテル（チサンホテル横浜伊勢佐木町）は2016年10月31日設定で取得予定日2026年8月31日まで約9.8年、シックスセンシズ京都は2019年6月27日設定で約7.2年である。

さらに3件は、不動産管理処分信託設定年月日が建物の建築時期（届出書の注記では登記簿上の新築年月日又は工事完了検査年月）より前に来ている——ドーミーイン神戸元町（信託設定2019年9月30日・建築時期2020年3月）、ONSEN RYOKAN 由縁札幌（2018年9月28日・2020年5月）、シックスセンシズ京都（2019年6月27日・2023年11月）。建物が完成する前から、少なくとも土地は信託に入っていたことになる。

10件については、STの組成の時点で動いたのは既存の信託の受益権であって、不動産の所有権ではない。第2節の第三の場面にあたる。流通税の重い部分——所有権の移転の登記と不動産取得税——は、物件が最初に信託に入ったとき、あるいはそれより前の現物の取得の時点で、その時々の所有者のもとで済んでいる。STの組成に残る登記上の手続は、受益者が記録されていればその変更の登記（1個1,000円）である。

流通税は届出書にほとんど出てこない——「登録免許税」は14件中1件だけ

組成費用の中で流通税がどれくらいだったのかを、開示書類から確かめられるか。答えは、本稿の14件ではほぼ確かめられない、である。PDF全文を機械集計すると、「不動産取得税」「流通税」「信託目録」「印紙」の語はすべての書類で0件だった。

「登録免許税」が出てくるのは、GK-TK型の横浜伊勢佐木町ホテルの1件、1か所だけである。その他の手数料等の欄に「発行者は、本信託受益権の取得に要する費用（登録免許税、鑑定費用等）」を本匿名組合財産から支払う、と費目の名前として並ぶ。ただし同じ欄は続けて、これら費用の合計額・上限額・計算方法等は発生時・請求時に初めて具体的に認識するものがあることから「予め具体的に示すことができません」とし、金額は書かれていない。

有価証券報告書の損益計算書には「租税公課」の行がある（三井物産のデジタル証券〜熱海温泉〜の当特定期間3,527千円、学芸大学ほか4物件の当特定期間9,129千円）。しかしこの2件は、STの信託財産が匿名組合出資と金銭で、不動産の受益権を持つのは営業者の側である。この租税公課の内訳は書かれておらず、流通税とも固定資産税とも特定できないので、本稿では流通税の実額としては扱わない。

受益証券発行信託型で流通税の語が出てこない理由は、前節の日付から推測はできる——10件は既存の信託の受益権を取得しており、STの信託の側で重い流通税が生じる場面がない。ただしそれは届出書に書かれた説明ではなく、日付と条文からの読みである。同日に信託を設定した4件でも、信託の登記の登録免許税を誰が負担したのかは書かれていない。

信託が終わるとき——非課税の条件は「最初から委託者だけが受益者」

流通税の非課税は、信託に入れるときだけでなく、信託から出すときにも用意されている。ただし条件がきつい。

登録免許税法第7条第1項第2号は、「信託の効力が生じた時から引き続き委託者のみが信託財産の元本の受益者である信託の信託財産を受託者から当該受益者（当該信託の効力が生じた時から引き続き委託者である者に限る。）に移す場合」の移転の登記を非課税とする。地方税法第73条の7第4号も同じ骨格で、受け取る人を、信託の効力が生じた時から引き続き委託者である者、その相続人、合併後の法人、政令で定める分割による承継法人に限っている。つまり非課税になるのは、最初から最後まで「自分で入れて、自分で受け取る」形の信託だけである。

不動産STの不動産管理処分信託は、この形に当てはまらない。前節までで見たとおり、受益権は売主から委託者SPC、そしてSTの受託者へと渡っており、「効力が生じた時から引き続き委託者のみが受益者」という条件を満たさない。条文どおりに読めば、信託を終わらせて不動産を現物で受益者に移すときは、この非課税の外に出る。登録免許税は売買以外の原因による移転として別表第一第1号（二）ハの千分の二十になり、租税特別措置法第72条第1項第1号の軽減は「売買による所有権の移転の登記」に限られているので、条文上は土地にも及ばない。

一方、受託者が交代するときの移転は、登録免許税法第7条第1項第3号と地方税法第73条の7第5号でどちらも非課税である。信託銀行の入れ替えは、流通税の面では重くない。

出口で物件を売る場合、買主の流通税は買主がどの形で受け取るか——受益権のまま買うか、現物で買うか——で第2節の第一か第三の場面に分かれる。出口の日程そのものは別稿『物件が売れても、その日には償還されない——不動産STの出口を、売却期限・信託終了日・償還金支払日の3つの日付でたどる』で扱った。

実務の勘所——日付・課税標準・期限の3つを押さえる

最後に、組成側・投資事務側が流通税を扱うときの勘所をまとめる。

まず日付である。物件の概要表の「不動産管理処分信託設定年月日」とSTの信託設定日を並べれば、その案件が組成の中で信託を新設したのか、既存の信託の受益権を取得したのかが分かる。本稿の14件では同日が4件、先行が10件だった。次に課税標準。登録免許税も不動産取得税も、原則は固定資産課税台帳に登録された価格であって、鑑定評価額でも取得価格でもない。鑑定評価額を掛けて見積もると過大になる。そして期限。土地の信託の登記の千分の三と売買の千分の十五は令和11年3月31日まで、不動産取得税の百分の三と宅地評価土地の2分の1は令和9年3月31日までで、期限が2つある。組成が期限をまたぐなら、モデルの税率を日付で分けて持つ。

受益権が売主から委託者SPCへ、SPCからSTの受託者へと渡る流れと、その譲渡を第三者に対抗するための確定日付の実務は、別稿『信託受益権の譲渡は、いつ第三者に勝てるのか——確定日付と受益権原簿を、不動産STの3つの層で読む』と『委託者SPCは信託設定の2〜3か月後に解散していた——不動産STの倒産隔離を、届出書と有価証券報告書の実物6件で確かめる』で扱った。組成費用の全体地図は『不動産STの組成コスト構造——費目の全体地図と、実額を「有報で」確かめる方法』にある。

本稿は法令の条文と開示された記載の記録であり、特定の銘柄や事業者の推奨・勧誘ではない。条文はe-Gov法令検索で2026年9月15日に確認した版（登録免許税法は2026年7月23日施行、租税特別措置法は2026年8月12日施行、地方税法は2026年7月31日施行、不動産登記法は2026年6月24日施行、印紙税法は2026年6月3日施行の各版）に基づき、届出書の日付・件数はいずれも各書類の記載と当サイトの集計による。仮設例の金額は説明のための計算であり、実在の物件の税額ではない。流通税の取扱いは一般的な解説であり、個別の案件への当てはめ（新築家屋の扱い、課税標準の認定、軽減措置の適用要件など）は、税理士・司法書士等の専門家や所轄の法務局・都道府県税事務所にご確認いただきたい。